Le changement climatique pourrait impacter les cours d’eau et les lacs des Pyrénées, en particulier leur apport annuel.

Le changement climatique a généré des modifications des apports annuels moyens  de nombreux cours d’eau des Pyrénées lors des dernières décennies. Néanmoins, ces changements sont attribués aussi bien à des causes climatiques qu’à l'évolution du couvert végétal et de l’utilisation des sols. Il est donc difficile de quantifier l’influence de chaque facteur séparément.

Dans le bassin de l’Èbre, des diminutions significatives du débit annuel ont été détectées sur plus de 50 % des stations de mesure étudiées au cours de la période 1950-2010.

Le réchauffement planétaire pourrait également générer des changements au niveau du régime mensuel des cours d’eau.

La diminution de l’accumulation de neige hivernale dûe à l'élévation des températures et à la dimonution des précipitations neigeuses provoque actuelleñent une augmentation des débits durant l’hiver.
Paradoxalement, la plus grande fréquence et intensité des sécheresses entraîne une diminution du débit des cours d’eau en été et en automne.
L’accumulation de neige en dessous de 1 500 m d’altitude pourrait diminuer de 78 % dans le dernier quart du XXIe siècle.

Le changement climatique pourrait aussi avoir une incidence sur la qualité et la quantité des eaux souterraines.

Les nappes superficielles et peu profondes sont particulièrement sensibles aux changements des conditions climatiques.Il est prévisible que les changements des bilans hydriques susmentionnés influent aussi sur la recharge et le vidage des nappes, pouvant entraîner des pénuries d’eau dans les zones n’ayant pas une capacité de stockage suffisante. Il ressort des principales études que la recharge des nappes pourrait diminuer jusqu'à 20 % dans certaines zones du massif d'ici le milieu du siècle. Cela pourrait entraîner une réduction du débit de nombreuses sources.

L’augmentation des températures et les changements du cycle de l’eau induits par le réchauffement climatique peuvent altérer les caractéristiques physiques et chimiques des eaux des Pyrénées, influant ainsi sur leur qualité.

Les sécheresses et les périodes d’étiage plus longues ont un effet direct sur la composition chimique des eaux. En effet, comme la quantité d’eau diminue, la concentration en polluants augmente, entraînant une détérioration de la qualité des eaux. D’autre part, l'augmentation de la fréquence et de l'intensité des inondations et des crues pourrait déboucher sur une élévation des apports en nutriments et substances polluantes d’origine humaine dans les cours d’eau. Le lien étroit entre qualité (chimique et écologique) de l'eau et le débit a été officiellement reconnu et intégré dans la Directive-cadre européenne sur l’eau.

La combinaison entre des débits faibles et la présence de substances toxiques qui touchent les communautés biologiques aquatiques provoque des problèmes structurels et fonctionnels au sein des écosystèmes fluviaux.

Les divers impacts du changement climatique sur les masses d’eau peuvent avoir de graves conséquences sur leur composition biologique.

Au fur et à mesure que les fleuves, les rivières et les ruisseaux se réchauffent, les poissons d’eau chaude délogent les poissons adaptés aux eaux plus froides de leur habitat.

Le changement climatique a entraîné une redistribution généralisée de différentes espèces, des eaux continentales vers des altitudes plus élevées.
Il affecte également les communautés d’algues et de manière générale la productivité des eaux à cause de la plus forte concentration en nutriments, des températures plus élevées et du plus grand nombre d’heures d'ensoleillement dans le cas des lacs de haute montagne.

Recommandations :

• Pour aborder les enjeux du changement climatique relatifs aux ressources hydriques, il est nécessaire d’adopter une vision intégratrice de la gestion du territoire, qui reconsidère la répartition de l’utilisation de l’eau.
• Quant aux lacunes en matière de connaissances, il sera nécessaire de réorienter les études sur l’impact du changement climatique sur le cycle hydrologique des Pyrénées afin qu’elles prennent en considération le massif dans sa totalité, en intégrant les deux versants d’une même unité.
• Il est également nécessaire de promouvoir le développement et le maintien de réseaux de suivi du changement climatique, en incluant des indicateurs qui facilitent le suivi et la caractérisation de l’impact du changement climatique sur le bilan hydrologique.