Les característiques dels estanys i de les torberes (elevada altitud, radiació solar i UV, ultraoligotrofia a causa de l'escassetat de nutrients, aigües molt diluïdes, baixes temperatures, presència d'una capa de gel durant diversos mesos, etc.) fan que siguin molt sensibles a factors climàtics (canvis en els règims de temperatures i precipitacions, vents, etc.). D'una banda, són "vigilants" dels canvis que succeeixen al territori pirinenc degut a la gran sensibilitat que tenen a les fluctuacions climàtiques i ambientals, i a les alteracions en les seves conques de recepció. D'altra banda, en els seus sediments es registren les complexes senyals del paisatge, del sistema aquàtic i dels processos biològics i abiòtics que han evolucionat en els últims segles o mil·lennis.

Durant mil·lennis, aquests ecosistemes han sostingut una complexa biodiversitat, han servit d'embornals de carboni i han proporcionat recursos hídrics, hàbitats per al pasturatge i, més recentment, per al turisme. Durant les últimes dècades, l'economia de moltes zones de muntanya és cada vegada més dependent de les activitats turístiques relacionades amb els esports d'hivern i amb l'excursionisme d'estiu. Alguns dels elements singulars de l'alta muntanya com són les glaceres, els estanys, les torberes i els ecosistemes de tundra alpina són elements dinamitzadors de les economies locals, amb variables figures de protecció i mesures de preservació en els diferents territoris pirinencs. L'alta muntanya és el graner d'aigua, la fàbrica d'energia i el pati d'esbarjo de tots els territoris pirinencs, una regió amb creixents necessitats d'aigua i recursos energètics per als consums agrícoles i humans. La preservació d'aquests ecosistemes en el marc d'un desenvolupament sostenible de la muntanya és un repte i una oportunitat per conscienciar dels efectes del canvi global en territoris considerats com “verges”.

Entre d'altres processos són esperables canvis en el cicle de gel i desgel, en el tipus i abundància de determinades comunitats i en la composició química de les aigües (alcalinitat). S'han detectat canvis en l'estat tròfic d’estanys d'alta muntanya en la majoria de les muntanyes del món, associats a canvis en el règim tèrmic i dels vents causats pel canvi climàtic. Els impactes del canvi climàtic en aquests ecosistemes pirinencs van associats, principalment, als canvis en els règims de temperatures i és molt probable que aquest efecte s'acceleri de forma marcada en el futur. Alguns models prediuen que la temperatura de l'aigua superficial dels estanys augmentarà en més de 10ºC durant el segle XXI, informació que està d’acord amb les observacions disponibles, excedint les variacions experimentades en aquests estanys durant els últims 11.700 anys (Holocè).

A més, cal recordar que, associades a estanys i torberes, es troben les comunitats vegetals d'aiguamolls i congesteres, així com moltes espècies boreoalpines al límit de la seva distribució que, per això, resulten especialment vulnerables a qualsevol canvi tèrmic o del patró de precipitacions .

Hi ha altres efectes indirectes del canvi climàtic derivats de la fusió dels glaceres i dels sòls permanentment gelats (permafrost), en particular, l'alliberament de metalls traça o contaminants orgànics persistents i l'augment de la mobilització de la matèria orgànica i contaminants associats.

Als impactes deguts a la variabilitat climàtica se superposen els causats per les activitats humanes. Els estanys dels Pirineus, malgrat la seva localització remota, han sofert importants impactes antròpics en els últims mil·lennis: la deposició de metalls pesants es remunta des de l'època romana; i, des de l’època medieval, la desforestació a les conques de recepció dels situats a altitud mitjana i la major pressió ramadera han estat intenses. La introducció de peixos també és una pràctica antiga (primeres referències al segle XV). Durant el segle XX els impactes principals van ser la construcció d’embassaments hidroelèctrics, i l'augment del turisme i les infraestructures relacionades amb els esports d'hivern i estiu.

L'ascens altitudinal del límit del bosc com a conseqüència de temperatures d'estiu més elevades pot portar a una expansió del bosc en les zones de torberes obertes, el resultat seria una reducció de l'albedo i un reforç positiu en l'escalfament global. Un augment de la torrencialitat pot incrementar l'erosió de les torberes que, a més, pot ser amplificat pel drenatge i el sobrepasturatge. Els efectes combinats dels canvis climàtics amb els canvis locals en la hidrologia tindran conseqüències importants per a la distribució i l'ecologia de les plantes i animals que habiten en les torberes o que les utilitzen. Les activitats humanes augmenten la vulnerabilitat de les torberes al canvi climàtic. En particular, el drenatge, crema o sobrepastoreig amplificarà les emissions de carboni.

La manca d'informació detallada de les característiques d'aquests ecosistemes (des d’inventaris detallats fins a la quantificació dels processos biogeoquímics) i la inexistència de sèries temporals llargues impedeixen conèixer la resiliència dels sistemes de muntanya enfront a les pressions del canvi climàtic i antròpic.

Per gestionar els efectes del canvi climàtic - i les activitats humanes - en els estanys i torberes d'alta muntanya dels Pirineus necessitem plans de monitorització a llarg termini que ens permetin conèixer millor els processos complexos que es donen lloc en aquests ecosistemes i, d’aquesta manera, disminuir les incerteses dels models i, alhora, poder millorar la nostra capacitat per engegar polítiques consensuades de gestió sostenible.